微山运河古镇和微山古城是两个不同的景点，它们有以下区别：

1.地理位置不同：微山运河古镇位于山东省济宁市微山县，而微山古城则位于山东省济宁市微山县夏镇街道境内。

2.历史背景不同：微山运河古镇是以微山湖为依托，以运河文化为核心，集文化体验、休闲度假、旅游观光于一体的综合性旅游度假区；而微山古城则是一座历史悠久的古城，始建于汉代，曾是鲁南的政治、经济、文化中心。

3.建筑风格不同：微山运河古镇的建筑风格以明清古建筑为主，而微山古城则以古代城墙和城门为主要特色。

4.旅游资源不同：微山运河古镇拥有微山湖、运河、古建筑等多种旅游资源，而微山古城则以古代文化和历史遗迹为主要旅游资源。

总之，微山运河古镇和微山古城是两个不同的景点，它们各具特色，都值得游客前往参观。