新农合是可以跨市区直接在医院报销的，异地就医时急诊、门诊和住院产生的费用，若在当地新农合的报销范围内，都可以申请报销。

不过各地政策可能存在区别，建议您在就医前咨询当地新农合管理部门的联系方式，以及是否需要提前办理转院等手续，以方便您在就医时能够顺利报销。