商户的手续费计费方式通常会根据不同的支付方式、交易金额、交易时间等因素而有所不同。以下是一个商户手续费计费方式的设置步骤：

1. 确定手续费计费方式：商户的手续费计费方式通常有几种基本方式，例如按百分比计算、按固定金额计算以及固定金额加百分比的混合方式等。商户需要根据实际需求和场景选择合适的计费方式。

2. 设置手续费费率：商户需要根据实际情况设置手续费费率。对于按百分比计算的方式，商户可以根据交易金额设定不同的百分比费率，费率可以根据商户等级或交易频次等变量自动调整。如果是按固定金额计算，商户需要设定每笔交易的具体固定金额；如果是混合计费方式，商户需要同时设定百分比和固定金额两个计费标准。

3. 根据交易时间设置封顶额度：商户需要设定每笔交易的封顶额度，以确保手续费不会过高。还可以根据交易时间和特定交易所处的市场营销活动设置优惠或折扣，以吸引顾客增加交易量。

4. 设定其他计费参数：商户还需要针对不同的支付方式、风险等级等因素设定其他计费参数。例如，对于信用卡交易，由于风险较高，通常需要设置比较高的手续费率。

5. 与支付平台对接：在上述步骤完成后，商户需要与支付平台/网关对接，并将手续费计费方式及参数等信息传输给平台。支付平台会利用这些信息计算手续费，并从商户账户中扣除相关费用。