根据《甄嬛传》小说和电视剧的剧情描述，甄嬛的父亲在故事开始时被诊断为鼠疫，并被隔离治疗。随着剧情的发展，甄嬛的父亲的病情得到了缓解，并最终痊愈。因此，可以认为甄嬛的父亲在故事中被治愈了鼠疫。