黄花鱼最好处理好后再冷藏或冷冻存放，以延长其保质期。处理包括清洗、去鳞、去内脏、去头尾，一般的做法是切成块或切片，然后用保鲜膜或密封袋包好放入冰箱或冰柜中冷藏或冷冻。

不处理直接存放会导致细菌繁殖，影响其口感与食用安全，因此处理好后存放可以更好地保持黄花鱼的质量。