梵净山上有许多珍贵的物种，其中受国家保护的野生动物有黔金丝猴（国家一级重点保护动物，被誉为“梵净山精灵”，“地球的独生子”现存约700只，仅分布在贵州境内武陵山脉之梵净山。）、熊猴、猕猴、云豹、林麝、毛冠鹿、苏门羚、穿山甲、鸳鸯、红腹角锥、红腹锦鸡、白冠长尾雉和大鲵（世界上现存最大的也是最珍贵的两栖动物）等14种。

此外，梵净山还保存有“中国鸽子花树”珙桐等国家重点保护珍稀动植物。这些珍稀动植物形成了梵净山独具特色的生态王国。