《原子之心》的“湮灭本能”剧情主要讲述了在原子能驱动的乌托邦下，主角在调查一起奇怪事件的过程中，逐渐发现了隐藏在美好表象下的黑暗秘密。

这个秘密涉及到人类与机器的界限模糊，以及一个可能导致世界毁灭的阴谋。主角必须在这个充满危险和未知的世界中，寻找真相并阻止灾难的发生。