医保代扣协议可以通过以下方式进行取消：

1. 直接向社会保险经办机构提交书面申请，注明需要取消医保代扣协议。

2. 在社保网站上进行取消。登录社保网站，进入“我的医保”或“网上办事”栏目，选择“医保代扣管理”，然后选择“取消代扣”。

3. 前往当地社保服务大厅进行取消。到当地社保服务大厅，填写相关的申请表格，提交取消医保代扣协议的申请。

需要注意的是，取消医保代扣协议后，将影响医保个人账户的余额补缴和报销。因此，建议在确保不影响个人医保使用的情况下再进行取消。