运动时腰部两侧的疼痛可能是多种因素引起的，例如不良的运动姿势、肌肉不足、肌肉疲劳、运动前未进行热身等。

在跑步时，如果腰部两侧的肌肉没有得到充分的准备，就会导致肌肉疲劳和拉伤，进而引起疼痛。而不好的运动姿势也很容易引起腰部疼痛，例如腰部过于僵硬、缺乏韧带等。因此，解决这个问题的关键是注意身体的训练和准备，选择适合自己的运动姿势，并且在运动前进行充分的热身，增强肌肉力量和灵活性。