新疆葡萄沟的葡萄品种非常丰富，包括无核白葡萄、马奶子葡萄、红葡萄、玫瑰香、喀什哈尔、黑葡萄、比夹干、梭梭葡萄和紫葡萄等。

这些葡萄品种各有特色，其中无核白葡萄是葡萄沟最为著名的品种，被誉为“水晶明珠”，口感甜、水分足，很受消费者欢迎。此外，马奶子葡萄和红葡萄也是葡萄沟的特色品种，味道甜、水分足，很受游客和当地人喜爱。