上海新生儿的住院医保报销流程如下：

1. 申报人准备好新生儿的住院发票、费用明细、住院小结等材料，交给单位并填写《市城镇居民基本医疗保险参保人医疗费用报销申请表》。

2. 单位将上述材料交到社保中心，社保中心将受理费用报销申请之日起5日内作出是否受理的决定。

3. 如果社保经办机构受理了申请，那么审核期一般为2个月，审核通过后，社保中心会及时拨款给相关单位或个人。

另外，新生儿医保报销所需材料包括：住院收费收据、费用清单、出院小结、参保人社会保障卡原件及复印件，如有使用参保人自付目录内药品需提供相关证明材料等。

以上流程仅供参考，建议咨询社保中心或查询官网获取具体信息。