可以。

CT的费用属于药费的范围，在新农村合作医疗费用中是可以报销的。但具有200元的限制金额，超出部分不予报销。

法律依据：

《新农村合作医疗住院报销比例》 第二条 住院报销标准药费：

辅助检查：心脑电图、X光透视、拍片、化验、理疗、针灸、CT、核磁共振等各项检查费限额200元;手术费参照国家标准，超过1000元的按1000元报销。