在东莞，电动自行车上牌时是需要经过一系列检查的，这主要是为了确保车辆的安全性和合法性。至于是否查链条，这通常取决于车辆的具体类型和设计。如果电动自行车原本就设计有链条，那么在检查时自然会包括链条的状况。

工作人员会检查链条是否完好、是否松弛或损坏，因为这些因素都可能影响到车辆的正常运行和安全性能。如果链条存在问题，可能需要修复或更换，以确保车辆的安全使用。

所以，如果你的电动自行车有链条，那么在东莞上牌时是需要接受相关检查的。为了确保顺利通过检查，建议提前检查链条的状况，确保其处于良好状态。