首先，金吾卫是唐代的官署名，属于南衙的禁卫军，主要职责是掌管宫中及京城的日夜巡查警戒，并负责皇帝出行的扈从任务。金吾卫的职位设置包括大将军、将军及长史、诸曹参军等，其中上将军各一人，大将军各一人，将军各二人。这些职位的设置反映了金吾卫在皇宫和京城警卫方面的重要性。
而大理寺则是中国古代的中央审判机关，主要负责审理中央百官犯罪、京师徒刑（强制服劳役）以上案件以及州县呈报的疑难案件。大理寺的判决需要经过刑部复核，再申报中书门下，大案及死刑要奏请皇帝批准。大理寺、刑部和御史台共同构成了中央司法机关的三法司制度，其中大理寺负责审判，刑部负责复核，御史台则负责监督大理寺和刑部的司法审判事务。
此外，金吾卫作为唐代的官署名，已经消失在历史的长河中，而大理寺虽然在不同的朝代有所变化，但一直是中国古代的重要审判机关，直到近代才被废除。
综上所述，金吾卫和大理寺的主要区别在于职责、性质和所属朝代等方面。金吾卫主要负责皇宫和京城的警卫及皇帝出行的扈从任务，属于唐代的官署名；而大理寺则是中国古代的中央审判机关，负责审理重大刑事案件，并随着历史的发展而不断演变。