元朝时在澎湖岛设置了澎湖寨巡检司。

澎湖巡检司（澎湖寨巡检司），是元明时期设置于澎湖列岛的官署。在中国历史上，这是最早管理台、澎的行政机构。1281年（元世祖至元十八年）设置，隶属于元朝福建行省泉州府，主官为澎湖巡检，明初循之。1384年（明太祖洪武十七年），因为实施海禁政策而废除澎湖巡检司。