南京公司注销流程首先需要办理税务注销，然后前往工商部门递交注销申请书、公司营业执照、法人身份证、税务注销证明、财务报表等材料，办理完相关手续后领取注销证明。在此过程中需要注意公司还存在债权债务的话需要及时处理，另外申请注销应提早办理以免影响公司信誉。