滇池蓝藻的加工主要包括藻水打捞、物理过滤、加压沉淀、高效气浮、尾水利用、藻泥脱水和环保处置等七个步骤。

首先，通过物理方式对蓝藻进行打捞，然后进行过滤、沉淀等处理过程，分离出地表三类水和藻泥。这些藻泥可以进一步加工转化为有机肥料。此外，有关部门也尝试投放鲢鱼、鳙鱼等滤食性鱼类来控制藻类密度，降低蓝藻的爆发几率。同时，新型移动式藻水同治设备的投入使用，也提高了蓝藻的处理效率。