原因主要有以下几点：

1. 违建问题：未取得建设工程规划许可证或未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的屋顶凉亭属于违章建筑。在建设凉亭时，应确保具有相关规划手续并已通过审批，否则属于违建。

2. 结构和安全性：在私人住宅的屋顶上建设凉亭可能会对整个楼房的结构和安全性产生影响。

3. 风水因素：在风水学中，亭子具有“镇”、“压”、“固”的作用，建在卧室房顶可能会犯形煞，影响居住者的运气和身体健康。

4. 邻居影响：亭子的建设可能会对邻居产生不良影响，如飞角对他人家门或亭子上鸟兽对邻居等。

因此，在考虑楼顶建设凉亭时，需要根据具体的建筑规定和法律法规进行评估，并确保取得必要的许可证，以免产生违建问题。同时，还需注意风水因素和对邻居的影响。