有影响，你不是团员了。你的团员档案，是团组织专门负责保管，任何单位和个人包括你自己未经批准，都无权接触档案。团员档案是以纸质档案为准，电子档案只是团员个人的基本信息。你违规将团员纸质档案丢了，实际上你没有档案了，也不是团员了。