目前没有关于南京到阜阳的高铁停运的相关公告。但是在疫情期间，铁路部门为了遏制疫情蔓延，可能会有临时安排或调整列车班次，建议旅客随时关注12306官方网站或铁路官方微博等渠道的最新通告。同时，由于疫情的影响，旅客前往火车站和乘车时需注意做好防护措施，如佩戴口罩、使用手部消毒液等。