在自建房卫生间位于房子两头时，排水可以通过以下几种方式进行安排：

1. 建设两个独立的排水系统：可以为每个卫生间单独设计排水系统，分别连接到房子的主排水管道。这样可以确保每个卫生间的排水都能独立进行，互不干扰。

2. 安装一个集中排水系统：将两个卫生间的排水都连接到一个集中排水系统中，然后再将其连接到主排水管道。这需要一定的设计和施工，在确保排水正常流动的同时，避免不同卫生间的排水之间发生交叉污染。

3. 使用坡度设计：如果两个卫生间位置比较接近，可以利用房子的坡度来安排排水。将排水管道沿着房子的坡度从卫生间的位置引导到主排水管道。这种方法需要仔细计算和施工，以确保排水正常流动，避免堵塞和漏水问题。

无论选择哪种方式，都需要考虑卫生间的布局和实际情况，确保排水系统的设计合理、施工符合相关的建筑规范和标准。此外，建议咨询专业的建筑师或工程师，以获取更详细和具体的建议。