如果员工已经错过了社保缴费期限，需要申请补交社保并获得公司的赔偿，可以按照以下流程操作。

首先需要向公司HR或人事部门提出申请，填写相关的补缴社保申请表，并提供相关证明材料。

公司会进行评估并确定赔偿金额，最后完成相关手续并将赔偿款发放给员工。需要注意的是，补缴社保的时间越长赔偿金额就可能越高。