新农合特病的办理流程是：

1、申请人携带出院记录、化验单、疾病相关的检查报告等既往病史资料到门诊医生处就诊，医生会填写基本医疗保险特殊病种证明及门诊的治疗审批表给符合条件的患者。

2、二级以上定点医疗机构经治医师填写特殊病种审批表。

3、医院的手续办完之后，带上病史资料，医保卡身份证以及2张1寸照片到户籍所在地的社保所领取申请表并填写，审批表需要到当地社保局进行审批并且盖章。