股权转让协议一式两份是有效的。根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条，只要当事人采用合同书形式订立合同，并且双方都签名、盖章或者按指印，那么合同就成立了。

因此，只要两份协议都被正确地签署和盖章（或按指印），它们就都具有法律效力。

这意味着，如果其中一份协议丢失或损坏，另一份协议仍然可以作为法律证据使用。