要分辨出芽孢杆菌和木霉菌等农业常用益生菌，通常需要使用高倍数显微镜，其中至少需要达到1000倍以上的放大倍数。以下是一些可能用到的显微镜类型：

1. 倒置显微镜：适用于观察微生物的组织和细胞形态。

2. 生物显微镜：比倒置显微镜放大倍数更高，可以观察微生物的更多细节，比如细胞壁、细胞器和细胞质等。

3. 扫描电子显微镜：可以观察到微生物的亚细胞结构，比如细胞核、线粒体和叶绿体等。

4. 差式扫描电子显微镜：可以观察到微生物表面的形态特征，比如菌毛、鞭毛和菌体表面的化学成分等。

在使用显微镜进行观察时，还需要注意一些事项，如需要在恒定的光线环境下进行观察，避免光线的频繁变化影响观察效果；在观察时需要调节显微镜的光圈和聚光器，以保证光线的强度和亮度；还需要使用不同的染色剂和试剂来增强微生物的形态和特征，以便于观察和鉴别。