在《最后生还者2》中，乔尔杀死外科医生的原因是后者注射了乔尔女儿莎拉体内的病毒，导致她死亡。

乔尔认为外科医生对莎拉的死负有直接责任，因此他采取了报复行动。同时，乔尔也深感自责和无助，因为他的决定间接导致了莎拉的死亡。在游戏中，乔尔的行为虽然极端，但也反映了他内心深处的痛苦和无助。