千禧哥斯拉和新世纪哥斯拉的主要区别在于它们的来源和特性。千禧哥斯拉是初代哥斯拉的同族，多次在电影中出现，拥有体内放射的能力，其热线威力强大，能够造成大规模破坏。

而新世纪哥斯拉则是平行世界观的初代，对人类并无恶意，主要是被核能吸引。它的热线威力虽然同样强大，但没有体内放射的能力。在防御力方面，新世纪哥斯拉明显强于千禧哥斯拉。