厦门九哥科三1号线和3号线可以通过线路颜色和站点方向来区分。1号线的线路颜色为绿色，而3号线的线路颜色为蓝色。此外，1号线的站点方向是从北向南，沿着厦门市区的主要道路延伸，包括湖里、观音山、SM城市广场等主要站点；而3号线的站点方向是从东向西，连接了厦门市区的东西两侧，包括槟榔、枋钟、莲前等主要站点。因此，乘客可以通过线路颜色和站点方向来区分1号线和3号线。