在南京，可以通过以下步骤使用公积金还清剩下的商业贷款：

首先，确保你的公积金账户有足够的余额来支付商业贷款的剩余金额。

然后，向南京公积金管理中心提出公积金贷款申请，填写相关表格并提供必要的文件。

接下来，等待审批结果，一旦获得批准，将公积金贷款转入你的银行账户。

最后，使用公积金贷款的资金直接还清商业贷款的剩余金额。请注意，具体操作步骤可能会因个人情况而有所不同，建议咨询南京公积金管理中心或相关金融机构获取详细信息。