新农合档案应该保存至少10年以上，以备随时查阅和应对突发情况。在档案保存过程中，要注意对档案的保密工作，防止信息泄露。档案的保存形式有多种，如纸质档案、电子档案等，不同方式的档案保存也需要按照规定加以保护和备份，确保文件的完好和可读性。