女生说“你性格头疼”可能有几种不同的含义，具体取决于语境和女生的语气、态度等。

可能是指你的性格有些难以捉摸或者难以理解，让女生感到困惑或者头疼。这可能是因为你的性格比较独特或者复杂，或者有时候表现得有些矛盾或不一致。

也可能是指你的性格有一些让人不舒服或者难以相处的特点，让女生感到不舒服或者难以应对。这可能是因为你的性格有一些消极或者攻击性的特质，或者你有一些行为习惯让女生感到难以忍受。

另外，女生也可能是在开玩笑或者用一种幽默的方式来表达对你的性格的看法。这种情况下，她可能并不是真的认为你的性格有问题，而是在用一种轻松的方式来表达她的想法。

无论女生说“你性格头疼”是什么意思，最好的做法是直接和她沟通，询问她的具体想法和感受，以便更好地理解她的意思并做出相应的调整。