盐城市新农合住院在三级医院的报销比例如下：

1. 1000元以下的医疗费用，报销比例为20%。

2. 医疗费用在1000元（不含）以上，10000元以下的，报销比例为45%。

3. 医疗费用在10000元以上（不含）的，报销比例为40%。

以上信息仅供参考，具体的报销比例可能会因个人情况和政策变化而有所不同。建议在实际操作前，先咨询当地的新农合管理部门或相关机构，了解最新的报销政策和规定。