单纯比较黄金巨匠和黄金船哪一个更好是没有意义的，因为她们都是非常优秀的赛马娘，而且各自都有自己的特点。

黄金巨匠以“无敌巨匠”之名横扫日本中长距离赛事，缔造了连续11场胜利的辉煌战绩；黄金船在中长距离上同样表现出色，并在天皇赏（秋）中以3个马身之差击败了排名第2的北黑。

两位赛马娘在短距离赛程中也都有过出色表现，但都难以企及自己最强项的战绩。因此，很难说她们之中哪一个更好，而需要根据具体情况进行判断。