铃芽之旅主要讲铃芽本来是在宫崎一个小村里面生活着的女高中生，她经常做与常世相关的梦，但她并没有意识到这是常世，直至她遇到身为闭己师的男主草太，跟他经过一系列的冒险，才逐渐了解了事情的真相。

男主在途中因为被从要石中逃离的白猫“大臣”诅咒而变成椅子，只能依靠铃芽与他一起关上因为意外打开的门，在经历一系列惊险后，男主意识到自己只有化作要石，才能够结束这场闹剧，于是男主在东京与蚯蚓ズ斗争的过程中自愿化成要石。

女主悲痛万分，经询问男主的爷爷，结识另外一个要石——一只黑色的猫，了解到世界真相后，她找到在老家附近因为与母亲的羁绊及种种原因而打开过的门，将其再次打开，与两个要石一起拯救男主。女主愿意自己变作要石，但最终被两个要石拯救。

二猫最终回归要石体内，男女主灵魂回归肉体，并将要石刺入蚯蚓体内，结束了一切。