不属于违法。贷款公司是根据申请人的申请，经过审核后，按照契约内容向申请人发放贷款，相应的贷款金额也会有所变动。

因此，在贷款公司将50万元贷款转账给申请人时，如果只转账48万元，并不一定是违法行为。可能是因为申请人提供的资料不全或者贷款公司有特殊情况，导致最终贷款金额减少，而非违法行为。