G9744次列车途经站点包括南京南、合肥南、福州南、厦门北、漳州东、龙岩、宁德、福州等站点。从南京南站开始，经过合肥南站、福州南站、厦门北站等站点，最后到达终点站福州站。其中，漳州东站是高铁站，车程大约3.5小时，车次为G开头的高铁，而其他站点则为动车或普速列车经过的站点。乘客可根据自己的出行需要选择适合的车次和站点。