苏州市职工医保余额不能直接用于缴纳农保，主要原因如下：

1. 险种不同：职工医保和农保（新农合）属于两种不同的社会保险制度。职工医保主要针对城镇职工，农保主要针对农村居民。这两种保险制度的覆盖范围、保障内容和待遇水平有所不同，因此不能互相转移或通用。

2. 制度隔离：我国的社会保险制度分为城镇居民社保和农村居民社保两大体系。职工医保属于城镇居民社保范畴，而农保属于农村居民社保范畴。这两个体系在制度设计上相对独立，各自有独立的缴费渠道和待遇体系。

3. 缴费渠道不同：职工医保费用由用人单位和职工共同缴纳，而农保费用由农村居民个人缴纳。因此，职工医保余额不能用于农保缴费。

4. 待遇差异：职工医保和农保的待遇水平存在一定差异，如报销比例、报销限额等。如果将职工医保余额用于农保，可能会导致农保待遇水平的不公平现象。

尽管职工医保余额不能直接用于缴纳农保，但您可以将职工医保个人账户的余额用于支付个人医疗费用、家庭医疗费用等。在符合政策规定的前提下，您可以妥善利用职工医保余额，以减轻个人和家庭的医疗负担。

如有疑问，建议您咨询苏州市社保局或专业社保顾问，了解更多关于职工医保和农保的政策规定。