关于这个问题，需要先说明一下社保的缴纳和计算方式。

社保的缴纳分为个人和单位两部分，个人部分是根据工资收入的一定比例交纳，单位部分则由雇主缴纳。社保的缴纳基数是由国家规定的，根据不同地区和不同行业的规定，缴纳的比例也不同。

在一般情况下，员工入职后的第一个工资周期，单位应该会在支付工资的同时代扣代缴社保。如果因为各种原因导致入职三个月后才开始缴纳社保，那么就算是未足额缴纳社保。

但需要说明的是，不同的地区和行业对于社保缴纳的规定不同，有些地区或行业可能允许员工在较长时间内缴纳社保，比如入职后的六个月或一年才开始缴纳。因此具体情况需要根据当地的规定来看。

总之，如果员工入职三个月后才开始缴纳社保，那么就应该按照之后的每个月缴纳比例来计算缴纳社保的金额，直到补足之前的未缴纳部分为止。