中级经济师职称单独划线的申请流程如下：

- 在单独划线地区报名参加相关职业资格考试的人员，未达到全国合格标准，在规定的考试成绩有效期内，全部科目达到单独划线地区合格标准的，发放单独划线职业资格证书或成绩合格证明。

- 在单独划线地区之外报名参加相关职业资格考试，到单独划线地区工作的人员，未达到全国合格标准，在规定的考试成绩有效期内，全部科目达到单独划线地区合格标准的，可向当地省级考试管理机构申领单独划线职业资格证书或成绩合格证明。