当公司不继续经营时，如果涉及到劳动者权益争议，通过劳动仲裁可以保护劳动者的合法权益。劳动仲裁是一种解决劳动争议的法律程序，旨在通过公正的程序和专业的判断，解决劳资双方之间的纠纷，保护劳动者的合法权益。

如果劳动者在公司停止经营后，与公司协商未果，可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁。劳动者应该提供充分的证据，证明与公司存在劳动关系，以及自己的权益受到了侵害。劳动仲裁委员会将会根据劳动者的请求，进行公正的裁决。

需要注意的是，劳动仲裁并不是解决劳动争议的唯一途径。如果劳动者和公司能够通过协商解决争议，或者申请调解组织调解，也是可以的。如果协商或调解不成功，劳动者可以选择向法院提起诉讼，通过法律途径解决劳动争议。