京医通余额可以通过以下方式进行退卡：首先需要到京医通官方网站或者京医通APP进行登录，然后在余额查询界面点击进行退款操作，按照相关提示将剩余的余额退回至绑定的银行卡即可。

如果遇到问题，也可以拨打京医通客服电话咨询退款流程。