根据淘宝的规定，男装类目的保证金是5000元。这是为了确保商家能够诚实经营并遵守淘宝的规章制度。保证金的作用还在于确保消费者权益和维护行业公平竞争。

商家缴纳保证金后，如果出现刷单、侵权、虚假宣传等违规行为，淘宝将扣除一定比例的保证金作为违规处罚。当商家没有违规行为时，可以安心经营，保证金也可以在退款或解除合同后退还。总之，保证金是淘宝为确保商家诚实经营和保障消费者权益而设立的评价性措施之一。