酱引子变红的最直接原因是霉菌的生长。除霉菌外，红曲菌、酵母菌、乳酸菌、醋酸菌等也参与了酱引子发酵。其中，红曲菌在酱引子发酵过程中占主导地位，产生了红曲霉菌红素，也就是常见的酱引子红曲霉菌红素。

红曲霉菌红素是一种脂溶性色素，在可见光波长范围内具有吸收带，因此酱引子形成后呈现红色。