神奇宝贝主角小智在旅途中收集、训练不同类型的神奇宝贝，并与各路高手和队伍玩家进行战斗，体验成为神奇宝贝大师的过程。

同时他与伙伴皮卡丘、小智之母、师父松树、女友小艾、沙漠之王艾路等人之间的互动，以及偶然遇到的神秘角色的出现，同其他主角之间的羁绊也是整个故事中的重要线索。

经历了众多挑战、开拓了新的领地、发现了更多的新物品和新的神奇宝贝，小智逐渐成长为一名真正的大师，最终在全国性巨大赛事中获得胜利。