1、银行有限。很少有银行可以进行组合贷款。借款人在申请合并贷款时，会发现公积金管理中心只与某家银行合作，这对借款人申请合并贷款业务有很大的限制。

2、手续复杂。申请组合贷款相当于申请公积金贷款和商业贷款。准备材料很多，手续会比较繁琐。而且，贷款资金只有在产权过户完成，抵押登记完成后才能放行转给卖方。帐户，这需要2到3个月。从“组合贷款”的操作流程来看，卖家会不愿意贷款太久。

3、手续费较多。公积金和商业贷款均收取不同数额的担保费和评估费。如果借款人通过中介公司或贷款服务商，还需要支付服务佣金。这样，组合贷款的手续费将高于纯公积金贷款或商业贷款的手续费。