如果农村的可耕地建了厂房，需要依据相关法律法规进行处理。一般来说，有以下几种情况：

如厂房建设符合国家规定，经过审批合法的，可以继续保留使用。

如果厂房建设违反了国家规定，没有经过审批或者审批不合法，需要拆除并恢复原状。

如果厂房建设违反了相关土地利用政策，可以根据实际情况进行调整，例如重新规划、补偿等方式。

需要注意的是，农村可耕地是国家重要的资源，应当保护好并合理利用，避免乱占乱用。如果确实需要建设厂房，应当遵守相关规定，进行审批手续并保护好土地资源。