工商备案的时候，提交的股权转让协议书按实际金额填写，如果金额写错了，先由协议双方申请作废，重新拟定新的协议。

如果已经工商备案了错的协议，建议咨询市场监督管理局工商备案窗口工作人员，申请撤回备案材料，然后重新提交正确的材料。

可能需要提供协议作废的声明书，并且声明书可能还需要进行公证或登报公示。