马拉色菌是一种革兰氏阴性的棒状细菌，它的形态呈现为直杆状或稍微弯曲的形状，长度大约1-3微米，直径为0.2-0.5微米。在显微镜下，它们通常会呈现出偏向红色的颜色，这是由于其细胞壁上的酸性染色质导致的。

此外，该菌的细胞壁上还有一种特殊的糖类物质——肽聚糖，这种物质可以和乙醇一起用于其染色过程，因此在显微镜下观察到的马拉色菌的颜色通常为红色。