阴阳丹的起源可以追溯到中国古代的阴阳家。阴阳家是在战国时代出现的一支主张阴阳五行学说的学派，主要以齐国人邹衍、邹子为代表。他们认为阴阳是事物内部的两种互相消长的协调力量，是孕育天地万物的生成法则。而五行说则是由金、木、水、火、土五种基本物质不断循环变化的理论发展而来。