流溪河从化段、增江、东江北干流、市桥水道、沙湾水道、蕉门水道等主要江河水质优良，珠江广州河段黄埔航道、狮子洋水质受轻度污染，珠江广州河段西航道受中度污染，受污染河段主要污染指标为氨氮和流溪河从化段、增江、东江北干流、市桥水道、沙湾水道、蕉门水道等主要江河水质优良，珠江广州河段黄埔航道、狮子洋水质受轻度污染，珠江广州河段西航道受中度污染，受污染河段主要污染指标为氨氮和溶解氧。

水质最好的前3条河涌是：流溪河太平段、增江、流溪河李溪坝段，最差的倒数前三位则是大陵河、沙坑涌、车陂涌。。